В годы Великой Отечественной войны Сибирь стала огромным госпиталем, поставившим на ноги сотни тысяч бойцов и командиров Красной армии. Еще перед войной в стране была принята военно-медицинская доктрина размещения раненых и больных с госпитализацией в четыре этапа эвакуации — от полевых госпиталей и армейских медсанбатов до глубокого тыла — местных эвакуационных пунктов (МЭП). Эвакуационные госпитали Сибири являлись конечным, четвертым этапом этой цепочки.

Район Сибирского военного округа к 1940 году имел 41500 коек и 5680 врачей. Для размещения госпиталей использовались здания вузов, техникумов, школ, больниц, общежитий. Между фронтом и Сибирью курсировало более 80 санитарных поездов. В годы Великой Отечественной войны в Сибирском федеральном округе было организовано 534 эвакуационных госпиталя.

На начальном этапе войны, когда линия фронта быстро смещалась с запада на восток, оккупированными оказались урбанистические области, обладавшие сложившейся системой медицинских учреждений. Государственный комитет обороны принял решение об эвакуации госпиталей из таких областей и переброску их в Сибирь, в т. ч. в Кузбасс. В основном это были госпитали Харьковского военного округа.

Западная Сибирь в годы Великой Отечественной войны была крупнейшей госпитальной базой страны. В июне 1941 года в соответствии с предвоенными мобилизационными планами на территории Западной Сибири началось развертывание тыловых госпиталей. В первоочередном порядке было открыто 22 госпиталя. В Томске – 6, в Тюмени – 4, в Алтайском крае – 12. Всего на 4200 коек в годы войны в Западной Сибири разместились 280 госпиталей. Эвакуационные госпитали работали практически во всех городах Сибири.

Так, например, в Новосибирске и Новосибирской области работали 52 госпиталя. В Алтайском крае было свыше 130 эвакогоспиталей. В Томске в годы войны было 33 госпиталя, занимавшие более 30 городских зданий. На территории Бурятской республики были развернуты 14 (по неофициальным данным — 21) эвакогоспиталей. В Кузбассе во время войны было организовано более 70 госпиталей. за годы войны госпитали Западной Сибири приняли сотни тысяч раненых и больных, из них 51,17% были возвращены в строй. Что касается томских госпиталей с их тяжелым контингентом раненых, то в строй были возвращены 38 % пациентов. В целом это явилось крупным достижением госпиталей глубокого тыла страны.